Hoewel hij op het WK 2002 niet aan speelminuten toekwam, beleefde Boffin begin jaren 2000 zijn tweede jeugd. En daar plukte STVV de vruchten van, want op 35-jarige leeftijd keerde het icoon terug naar zijn vertrouwde Staaien. Onder zijn impuls werkte STVV zich prompt weg uit de degradatiezone. Zijn prestaties tijdens dat eerste half seizoen leverde hem meteen de Trofee voor de Verdienstelijkste Speler op.
Een seizoen later won hij diezelfde trofee, toen STVV zich onder zijn leiderschap op een 8ste plaats parkeerde. Het absolute hoogtepunt volgde echter in het derde seizoen. Onder leiding van coach Jacky Mathijssen - en met ploegmaats als Claude Kalisa en Nicky Hayen in verdediging, Peter Delorge op het middenveld en Désiré Mbonabucya in de aanval - domineerde Danny in een vrije, aanvallende rol de Belgische competitie. STVV was een geoliede machine, die attractief en offensief voetbal op de mat toverde: na 14 wedstrijden stond de teller op 2,92 goals per wedstrijd, een gemiddelde waarmee STVV in Europa enkel Glasgow Rangers moest laten voorgaan.